平行胶中从上至下变性剂的浓度递增。这种胶适用于分析大量样品。

1)与制备标准聚丙烯胺凝胶一样制备胶板。

2)从丙烯酰胺和两种变性剂贮存液中取两份等体积溶液以符合要求的变性剂浓度范围。溶液的总体积一般为刚好覆盖胶板。丙烯酰胺的浓度取决于DNA 片段的大小，对于DNA 片段大小为≥300bp 的丙烯酰胺的浓度为6%，而长度＜300bp 的DNA 片段，丙烯酰胺的浓度为12%。

3)加高浓度变性剂溶液到合肥桥斯梯度生成器/梯度计/梯度生成仪右槽中(该溶液将先通过梯度合成器进入胶板间的空隙)，打开连接梯度生成器/梯度计/梯度生成仪两端的开关，让一些溶液流入左槽内关上开关，用吸管把它们移回到右槽(目的是确保两槽之间无气泡的阻隔)。然后把低浓度变性剂溶液加到梯度生成器/梯度计/梯度生成仪左槽中。

4)搅拌这两个槽中溶液的同时向其中加入μL/mLl0%的过硫酸铵和1μL/mL 的TEMED(N，N，N＇，N＇，—四甲基乙二胺)。

5)轻轻打开两槽之间的开关及梯度生成器/梯度计/梯度生成仪出口的开关，灌胶时两槽内的溶液应处于搅拌状态(尤其高浓度溶液槽更应搅拌)，溶液受重力影响通过一个放在两块玻璃板之间的顶部的细塑料管流过梯度生成器/梯度计/梯度生成仪。流速应保持一定大小以保证溶液在凝聚之前所有溶液都应注入到两层玻璃板之间。(凝聚速度可通过调整过硫酸铵和TEMED 的浓度来调节)。

6)胶板充满后，在其顶部插入梳子并将其放平，凝聚至少30min。(胶可事先灌好并于4℃贮存几天)。